貫流風機雖然具有一些優點，如結構緊湊、體積小、重量輕、效率高、流量大、噪音低、安裝方便等，但是也存在一些缺點，主要有以下幾點：

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效率較低：貫流風機的效率相對於其他類型的風機要低很多，這是因為貫流風機的葉輪和導葉之間的間隙較大，導致一部分氣流在旋轉時直接從間隙處流失，從而產生了較大的能量損失。
噪音較大：貫流風機在運轉中會產生較大的噪音，對人體健康造成不利影響，特別是在需要長時間使用的場所，噪音會給工作和生活造成極大的幹擾。
安裝難度高：貫流風機的安裝需要考慮其高速旋轉的葉輪和導葉，以及與之匹配的電機和傳動裝置，因此安裝難度較大，需要專業技術人員進行。